新石器时代，伴随着农、牧业生产的发展。天文学、数学和医学等自然科学知识已经萌芽，并为后来科学技术的发展奠定了基础。
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1.天文学萌芽新石器时代，由于农、牧业生产的需要，经过长期的实践，人们观察到太阳、月亮、星星在天空的位置，摸索到它们的位置随时间变化的规律，终于为按期播种、收获，按季游牧，迁徙确定了时间，节气和历法，这便是原始天文学的开始。
许多科学家认为距今4000年前，位于英国索尔兹伯里以北的古代巨石建筑遗址，即著名的巨石阵是史前人类为观测天象而建造的。早在200多年前，有人注意到巨石阵的主轴线指向夏至时日出的方位，其中有两块石头（现在的标号为94号和93号石）的连线指向冬至时日落的方向。20世纪初，英国天文学家洛基尔进一步研究了巨石阵，发现从巨石阵中心望去，有一块石头（91号）则指向2月5日和11月8日日出位置，他由此推断至迟在4000年以前，已有一年分八个节气的历法。60年代初另一位学者纽汉说他找到了指向春分日和秋分日日出的方位的标志，并指出91、92、93、94号四块石头构成一个矩形，矩形的长边指向月亮的最南升起点和最北下落点的方位，与此同时天文学者霍金斯用电子计算机对巨石阵中大量石头构成的各种指向线进行了分析和计算，又找出了许多新的指示日、月出没方位的指向线。根据考古学家对巨石阵的发掘，了解到巨石阵是分三次，前后相隔几个世纪建造的，而每次建造都有指向日、月出没方位的指向线，所以霍金斯认为巨石阵是史前人有意建造的观测太阳、月亮的观象台，他还认为巨石阵中56个围成一个圆圈的奥布里洞，可用来预报月食。
中国新石器时代许多遗址中发现了带有天文学意义的图案、刻纹，如大汶口文化莒县遗址中出土了一件陶尊，上刻划着的符号，大河村遗址中也出土了许多太阳图案的彩陶，反映出史前人对太阳、月亮的细心观察，另外这时期的氏族墓葬的墓穴和人骨架的头部都朝向一定的方向，房屋建筑也有一定的朝向，估计当时已掌握某种方法测定太阳出没的方位。
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2.数学的萌芽人类对数字的认识，大概在旧石器时代就已出现，当把猎物分割成小块时会产生多与少的数字、数量概念。根据民族学的资料，许多原始部落对数目的认识能力十分有限，对多数目的认识更为有限，不少部落只能认到三为止，三以上的数字则用多来表示，或把四说成二和二，五说成二和二和一。
达尔文认为计数发源于手算，最初用一只手，然后用两只手，最后连脚趾也用上了（《人类的由来及性选择》）。事实上很多国家很早就有十进制记数法，这大概与每个人有十个指头有关。
随着数的增加，光靠手、脚趾不够用了，于是出现了一些其他的代用品，如利用石块、刻划、结绳等帮助计数。"结绳记事"的古老传说在我国早已家喻户晓，民族学资料中也不乏其例，独龙人远行通常用结绳的方法记日，每走一天打一个结，或者按照约定会面的日子，先打几个结，过一天解一个结。这说明原始人的计数是依靠具体的实物，当数完全从具体事物中抽象出来，才真正成为数学，但它毕竟是数学产生的基础。中国半坡遗址中陶器上经常可发现刻划的｜，｜｜，｜｜｜，｜｜｜｜等记号，与一二三四等字十分相似，说明这时人们对数字的概念已从具体的实物向抽象的符号方面转变，到新石器时代晚期，随着私有制和货物交换的产生，数目的增加和运算方法等才得以真正的改进。
新石器时代世界上许多地区的陶器器型和纹饰中都有圆形、椭圆形、方形、弧形、三角形等，从侧面反映出当时人们对数与几何图形有了一定的认识，由此推论这时人们已创造出划方、圆、直线的简单工具和方法，可能还出现了最早的规矩。
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3.医学萌芽自人类诞生以来，疾病一直与人相伴，特别是在远古时期，艰苦的生活环境、疾病的严重折磨，很难使人享尽天年。以北京人洞穴中发现的可统计的22个直立人遗骨中，死于14岁以前的有15人，占68.2％，年龄在15岁至30岁之间的有3人，占13.6％，年龄在56岁至60岁的只有1人，占4.6％，说明当时人类的绝大多数寿命不长，大部分是夭折的。有的人类化石中保留了其生前患有的某些疾病的信息，如骨折、骨瘤、龋齿等。从爪哇人的股骨化石上，科学家们判断这位距今约50万年的直立人曾患过外生骨瘤。
在旧石器时代人们尚无医药的知识，仅靠身体的抵抗能力同疾病抗争，大约在新石器时代，人们逐渐认识了一些病症和治疗疾病的一些药物，发明了某些预防和治疗疾病的方法，形成了原始的医学。
原始的医学是以经验医学为主，在此基础上又发展起了巫术的医学，两者往往混杂在一起，但其中也包含着一些真正的、科学的医药知识。
史前人是生活在神秘与迷信的氛围之中，几乎世界各地的原始民族都有过信仰鬼神和符咒治病的方法，在他们看来人的疾病是来自于鬼神附体，一但驱走鬼神，即可恢复健康。依据民族学的资料：印第安人常用符咒治病法，但也用一些科学的疗法，懂得对于发热病人，采用液体食物，使之泻下，利尿发汗，甚至采用放血疗法，对于消化不良，知道采用吐法、缓泻及灌肠的方法。对一些植物的药用性也有所了解，如用胡椒治疗脓性炎症，用莨菪硷作为麻醉的药物等。由此可推测新石器时代的人们已知道利用一些动、植物医治某些疾病。
在新石器时代人们还掌握了惊人的原始外科技术，即利用锐利的石制刀取出人体内各种异物、放血、切开脓肿，在中国还产生了以石砭刺穴位的治病方法。早在1875年普卢尼埃尔和布罗卡得，首先报告了在新石器时代穿颅术的几个例子，有的是摘除颅骨骨折的骨片，有的是对尸体实施穿颅术，以便起到驱邪的作用，曼奥维尔曾在新石器时代的颅骨上发现了相同的痕迹，有的穿颅的骨缘有新生骨，表明术后病人仍然生存着，有的颅上有五个穿孔。
在19世纪北非的卡拜尔族，达吉斯坦的山地部族，太平洋美拉尼西亚许多地方的人，欧洲的黑山人也施用过此术。这些手术有些是出于巫术的目的，有的是用来解除病痛的，有的两者兼而有之，却都代表了原始外科手术的技术。
在世界各地的新石器时代遗址中，可发现许多房屋的地面曾用白灰面涂抹过，白灰面具有防潮与隔潮的功效，估计当时人们已知道潮湿对人体不利，用这种方法来预防风湿病的发生，新石器时代遗址中还常见灰坑股票推荐配资，即垃圾坑，可见当时人懂得脏物有害于健康，注重环境卫生，这些都是史前人预防疾病的一些措施。
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